V Napajedlích stávala nejdříve tvrz. Nejstarší historickou zprávu o ní máme z první poloviny 14. století, poprvé se připomíná v roce 1344. Roku 1371 odkázal markrabě Jan synu Prokopovi tvrz a městečko Napajedla, které byly zeměpanským zbožím. Už ale v roce 1376 byly lénem Heralta z Kunštátu (vlastnil mj. i hrad Křídlo). V roce 1427 napadla městečko sirotčí vojska, porazila nepřátelskou posádku, která se ukryla v napajedelské tvrzi.
      Za česko-uherských válek se stal celý kraj opět svědkem válečných bojů a útrap. V říjnu 1469 dobyl napajedelskou tvrz Matyáš Korvín, ale již 2. listopadu byl poražen knížetem Jindřichem a zahnán zpět do Uher. V roce 1474 přitáhl Matyáš k Napajedlům znovu, ale byl poražen dříve, než mohl městečko vážně ohrozit. V roce 1511 daroval král Vladislav II. tvrz a městečko Napajedla Arklebu Trnavskému z Boskovic do dědičného držení jako odměnu za zásluhy, které si Arkleb získal jako hejtman Brněnského kraje při potlačování různých loupeživých band na Moravě. V letech 1520-1583 drželi Napajedla Žerotínové, z nichž Václav ze Žerotína (1520-1534) napajedelské panství rozmnožil. Z dalších držitelů panství, tvrze a městečka z tohoto rodu proslul Fridrich ze Žerotína, který zpřesnil povinnosti poddaných městečka, čímž se jejich robotní povinnosti zmírnily. V roce 1583 se stal držitelem panství Zdeněk z Vartemberka a pak jeho syn Jan. V roce 1611 je od Mola z Modřic koupil Jan Jakub z Rottalu (zemřel 1617), přistěhovalec ze Štýrska, kde jeho předkové zastávali úřad dědičných komorníků stříbrné komory. Napajedelská tvrz zanikla pravděpodobně v pohnuté době třicetileté války a její zbytky byly nánosem zaplaveny. Místo je geograficky významné. Napajedelskou soutěskou se řeka Morava prodírá k jihu do Dolnomoravského úvalu, a proto jde o komunikačně důležitou přírodní bránu. Snad z toho důvodu se blízké okolí dlouho udrželo v zeměpanských rukách. Hrad se jmenuje roku 1366 a po smrti markarběte Jana Jindřicha měl připadnout Janu Soběslavovi, ale nakonec ho obdržel Prokop. Nestál na terénním výspě v místě barokního zámku, ale v poloze Na kapli při řece. Její ramena a uměle upravené příkopy ho objímaly a chránily, ale postupně se postaraly i o narušení jeho pozůstatků. Nevelkou část plochy hradu na severu ubrala řeka, na většině je novodobá zástavba. Jen zhruba 1,5 m vyvýšený centrální pahorek (22 x 34 m) je nezastavěný. Jediné současné stavení zabralo nepatrný cípek na jihozápadě. Na východě se rýsuje 20 m široký příkop, jehož širší jižní díl vyznačují na mapě stabilního katastru z roku 1826 parcelní linie. Východní a severovýchodní část ostrova mohlo zabírat rozlehlé hospodářské předhradí. Zejména jeho rozsah bude však nutné potvrdit archeologickým výzkumem. Prozatimní sběry keramiky datují život na tvrzi už do 13. století. Éru trvalých zástav zahájil roku 1386 Heralt z Kunštátu, jenž si potvrzení pro jistotu vyžádal od obou markraběcích bratrů. Dlouho tvrz drželi páni z Tvorkova (zhruba v letech 1420-1460), pak se držitelé střídali, až Petr Přibík ze Zahrádky roku 1498 Napajedla připojil k Buchlovu. Jak je vidět, po údajných dobytích sirotky a Matyášem Korvínem byla tvrz zřejmě nakrátko obnovena. Naposledy se připomíná roku 1511 a nedlouho poté už neexistovala. Stálé ohrožení vodou vyvolalo přesun hospodářského provozu do dvora v severozápadní čáře ulicového náměstí, kde bylo také zřízeno panské obydlí. To byla zřejmě tvrz, vzpomínaná na počátku 17. století. Trvalým sídlem se opět stal až zámek vybudovaný podle projektu F. A. Grimma hrabaty z Rottalu v letech 1764-1769.

Plán terénních zbytků tvrze na břehu řeky Moravy